Від початку утворення Меджлісу посткомуністична влада та проросійські політичні сили в Криму регулярно звинувачували його в «екстремізмі» та «розпалюванні міжнаціональної ворожнечі». 

Навіть кримська обласна та (пізніше) республіканська преса була наповнена пропагандою, спрямованою проти кримських татар загалом і Меджлісу зокрема. Часто можна було почути, що Меджліс не представляє весь кримськотатарський народ, і лише «спекулює» на питанні повернення до Криму. Діяльність кримськотатарських активістів і Меджлісу, спрямована на відновлення прав народу в Криму, таврувалася як «екстремізм» – від боротьби зі саботажем процесу репатріації до боротьби за землю чи культурні права.

До того ж кримська посткомуністична влада весь час прагнула заручитися підтримкою лояльних кримськотатарських організацій, окремих діячів, організацій інших народів, аби продемонструвати, що вимоги Меджлісу «не представляють інтересів всього народу» та є «прагненням отримати привілеї в Криму», які б утискали права інших народів. 

Меджліс у Криму традиційно співпрацював із національно-патріотичними українськими силами. Під час будь-яких виборів він підтримував проукраїнські сили або тих, хто найменше шкодив інтересам територіальної цілісності України. Відтак відбувалося постійне протистояння Меджлісу та проросійських сил. 

Зі середини 1990-х представники кримських татар входили до владних структур півострова. Приміром, Ільмі Умеров, заступник голови Меджлісу, з 1994 по 1997 був віце-прем’єром в уряді Криму, з 2002 по 2005 – заступник голови Верховної Ради АРК. У 2000-х представники Меджлісу входили до владних структур АРК, а також до Верховної Ради України. У виконавчій владі кількість представників Меджлісу сягала 10%.

Після окупації Криму Росією справа заборони Меджлісу стала лише питанням часу. Окупанти б ніколи не змирилися з діяльністю потужного координаційного центру кримськотатарського народу, що відкрито виступив проти російської агресії. 

Як і весь процес окупації півострова, процес заборони Меджлісу повинен був нагадувати «демократичну процедуру». З цією метою окупаційній владі Криму необхідно продемонструвати, що організація не представляє інтересів кримських татар, а ініціатива її заборони нібито надходить від самих кримських татар. Для цього мобілізовані лояльні окупантам кримськотатарські організації. Це зокрема «Къырым», яка 19.12.2015 «забороняє» Меджлісу представляти кримськотатарський народ. 

23.10.2015 Громадська палата Російської Федерації звертається до генеральної прокуратури з проханням перевірити діяльність Меджлісу на екстремізм. 
15.02.2016 вже Наталія Поклонська звертається до так званого «Верховного суду Республіки Крим» з вимогою визнати Меджліс «екстремістською організацією». Вона також передає копію позовної заяви першому заступнику голови Меджлісу Айдеру Аджимамбетову. 

13.04.2016 Наталія Поклонська видає «постанову» про призупинення діяльності Меджлісу до прийняття «судом» рішення в справі. Вже 26.04.2016 так званий «Верховний Суд Республіки Крим» визнає Меджліс «екстремістською організацією». 

29.09.2016 Верховний Суд Росії відхиляє апеляційну скаргу представників Меджлісу та затверджує попереднє рішення так званого «Верховного суду Республіки Крим». Меджліс кримськотатарського народу незаконно й остаточно забороняють на території Росії та в Криму. 

На кожному з етапів заборони Наталя Поклонська посилається на «численні звернення» від нібито кримських татар і лідерів кримськотатарських організацій.