З 01.01.2015 палац знаходиться в управлінні новоствореної юридичної особи - так званої "державної бюджетної установи Республіки Крим  «Бахчисарайський історико-культурний та археологічний музей-заповідник».

25.07.2017 тут видається дозвіл на “реставраційні” роботи. Вже у жовтні на території палацу починаються роботи, які російські джерела називають по різному: “першочергові протиаварійні”, “ремонтно-реставраційні” або “реконструкція”.

Велика Ханська мечеть безумовно потребувала реставрації, яка мала базуватися на збереженні не тільки зовнішнього вигляду пам’ятки, але й її матеріальної першооснови -  автентичності.

Згідно з висновком інституту «УкрНДІпроектреставрація», який готував ще в 2014 проєкт реставрації мечеті:

- з 22-х балок перекриття довжиною 9,5 м передбачалася заміна 3-х і реставрація 1 балки, а також додаткове зміцнення металевим куточком зверху 4-х балок;
- заміна 1 поперечної балки  довжиною 9,5 м;
- з 82 балок перекриття довжиною 6,5 м передбачалася заміна 3-х і реставрація 4-х балок, а також зміцнення металевим куточком 6 балок.

При дослідженні стану перекриття в 2015 р. та установці тимчасової опорної конструкції над входом в мечеть з боку  річки Чурук-Су результати згаданого висновку підтвердилися. Однак окупантами вже на етапі проєктування було прийнято рішення про демонтаж покрівлі та застосування до об’єкта культурної спадщини  звичайних будівельних норм.

Замість реставрації окремих елементів історичної покрівлі мечеті, приймається рішення повністю демонтувати покрівлю. Це здійснюють не фахівці-реставратори, а звичайні будівельники з використанням важкої техніки та відбійних молотків, що спричиняє вібрації стін будівлі мечеті та численні пошкодження. Аналіз демонтованих елементів балочної системи покрівлі підтверджує відсутність потреби в повному демонтажі, адже балочна система майже на 95 % була в нормальному стані.

Наступним рішенням організації, що проводить будівельні роботи на об’єкті, стає використання сучасних будівельних матеріалів і технологій. Це неприпустимо на об’єктах культурної спадщини. Йдеться передусім про використання композитних матеріалів для балочної конструкції, бетонних розчинів зі застосуванням армування. Прадавня ложкова черепиця (кєрамєт або «татарка») кустарного виробництва замінюється на іспанську черепицю заводського виготовлення «Чернець і черниця» з імітацією під старовину. Водночас повністю порушено технологію укладання черепиці на глину (її також замінено на сучасні кріплення).

Виконавець не проводить розрахунок додаткового навантаження на стіни, що створюється за рахунок нових нашарувань (нова балочна система, армований з використанням бетону сейсмопояс тощо). Такий показник обов’язково мав би розраховуватися під час підготовки проєкту реставраційних робіт. Стіни Великої Ханської мечеті були побудовані у 1533 р., тому попередні вивчення стану фундаментів, стін, використаних у процесі будівництва матеріалів, розчинів, розрахунок впливу додаткового навантаження тощо мали би показати можливу варіативність матеріалів для реставраційних робіт.

Середньовічна технологія будівництва дуже цікава. Вона поєднує давні традиції будівництва в конкретній місцевості зі сучасними (того часу) тенденціями. Наприклад, Крим – сейсмічна зона. Тому з метою уникнення пошкоджень під час землетрусу для антисейсмічного поясу використовували дубову балку та суміш глиняно-вапняного розчину, що створювали непохитність і сталість стін. Сучасний варіант – залізобетонний антисейсмічний пояс – важчий і не такий пластичний на випадок зовнішнього втручання.

Усі роботи, що проводяться у 2017–2018 безумовно обтяжують конструкцію, а бетон посилює ерозію бутового мурування кладки стін. Наслідки призводять до серйозних деформацій. Руйнуються вітражі, стіни покриваються тріщинами. З’являється також тріщина на східному мінареті мечеті, який до проведення робіт мав невеликий нахил. 

Ситуація погіршується ще й тому, що роботи з демонтажу покрівлі проводять в осінньо-зимовий період, при цьому будівля пам’ятки не захищена від опадів. Поліетиленове покриття не відповідає навіть елементарним вимогам захисту, волога проникає всередину.

Важливою втратою також стає пошкодження розписів на південному та західному фасадах будівлі, які робив майстер Омер (XVIII ст.).

У результаті будівельних робіт і незахищеності від механічного впливу з’являються тріщини на деяких надгробках Ханського цвинтаря.

Так звані «протиаварійні» роботи продовжуються ледь не на всіх об’єктах комплексу Бахчисарайського Ханського палацу: головний корпус (демонтована покрівля, встановлений металевий каркас), Ханське кладовище (археологічні роботи та “реставрація” двох дюрбе), Басейний, Посольський, Персідський дворики (роботи з ревіталізації), бібліотечний корпус (демонтаж покрівлі), Соколина башта (демонтаж покрівлі).

Згідно з "планом з ревіталізації палацового майдану" передбачається встановлення статуй тварин, що не відповідає культурному ареалу пам’ятки (через аніконізм в ісламі). Також планується знесення історичних споруд, що датуються XVII ст.

Дослідники фіксують проведення християнських свят на території Ханського палацу, що певною мірою сприє історичній деконтекстуалізації культурної спадщини.

Стан Великої Ханської мечеті не стабільний, спостерігається подальший зсув ґрунтів, динаміка тріщин.

Знецінюючи (навіть шляхом перебудови) історичну значущість об’єкта, що є важливим символом для корінного народу України, окупаційна адміністрація продовжує реалізовувати довгострокову ще радянську програму, спрямовану на знищення історичної пам’яті, зміну світогляду та асиміляцію кримськотатарського етносу.

За процесуального керівництва прокуратури Автономної Республіки Крим та міста Севастополя здійснюється досудове розслідування низки кримінальних провадженнях за фактами незаконного проведення пошукових, археологічних робіт, умисного знищення, руйнування та псування пам’яток історії та культурної спадщини на тимчасово окупованій території півострова Крим, за ознаками кримінальних правопорушень, передбачених ч. ч. 1, 3 ст. 298, ч. 2 ст. 201, ст. 341, ст. 356, ч. 1 ст. 438 КК України. Незаконно створеними органами влади на тимчасово окупованій території півострова Крим в м. Бахчисарай захоплено 32 об’єкти нерухомості пам’ятки національного значення «Ханський палац», що входить до складу Бахчисарайського державного історико-культурного заповідника. Встановлено, що проводиться умисне знищення та псування цієї історичної пам’ятки шляхом проведення масштабних незаконних робіт.

Діяльність окупаційної адміністрації завдає шкоди об’єктам національно-культурної та етнічно-історичної спадщини на тимчасово окупованій території півострова Крим та національним інтересам України.

Вказані дії містять склад злочину за ст. 438 КК України (порушення законів та звичаїв війни), адже є прямим порушенням Гаазької конвенції про захист культурних цінностей у разі збройного конфлікту 1954 року та додаткових протоколів до неї.