01.03.2022 Херсон окупують російські війська. Уже 10 березня захоплюють і територію ТХІ. Будівлі використовують як військову базу, склад, казарми та госпіталь. Свідки повідомляють про перевезення на територію інституту мобільного крематорію для кремації останків вбитих російських солдат.
У серпні 2022 під час боїв за Антонівку знищено три з пʼяти будівель: адміністративний корпус, бібліотеку та один із гуртожитків.
Протягом наступних місяців після звільнення Херсона зруйновано ще дві споруди внаслідок артилерійських і мінометних обстрілів.
Уся матеріальна база, зокрема й компʼютерна техніка, навчальне обладнання, кухня, меблі та навіть розетки, розграбована. Бібліотека, щойно поповнена богословською літературою з Каліфорнії, підпалена.
Відповідно до норм міжнародного гуманітарного права, будь-які умисні напади на релігійні та культурні об’єкти, які не втратили захищеного статусу, заборонені та можуть кваліфікуватись як серйозні порушення міжнародного гуманітарного права та воєнні злочини. Рада Безпеки ООН засудила «незаконне знищення культурної спадщини, зокрема знищення об’єктів, пам’яток та предметів релігійного призначення, а також розграбування та незаконне вивезення культурних цінностей з місць археологічних розкопок, музеїв, бібліотек, архів та з інших об’єктів у контексті збройних конфліктів» (Резолюція 2347 від 24.03.2017).
Також загальна заборона нападу на цивільні об’єкти, до яких відносяться культові (релігійні) споруди, сформульована у ст. 23 (ж) Гаазького положення 1907, яке забороняє «винищувати або захоплювати ворожу власність», крім випадків, коли це вимагає військова необхідність. Стаття 52(1) Додаткового протоколу до Женевських конвенцій від 12.08.1949, що стосується захисту жертв міжнародних збройних конфліктів від 08.06.1977, забороняє напади на цивільні об’єкти. Це положення відображено у Нормі 7 Звичаєвого міжнародного гуманітарного права, а саме: «Сторони конфлікту завжди повинні розрізняти цивільні об’єкти та військові цілі. Напади можуть спрямовуватись лише на військові цілі».
Після деокупації Херсона у листопаді 2022 керівництво Інституту нарешті отримує доступ до території. Побачене складає катастрофічні враження: усі будівлі або знищені, або непридатні до використання.